Симптом «черный зародыш», распространенное изменение цвета зерна пшеницы и ячменя, отмечается по всему миру в большинстве регионов выращивания данных культур. Существуют жёсткие стандарты по содержанию зерна с черным зародышем в партиях продовольственной пшеницы как в России, так и за рубежом. Механизмы, участвующие в появлении темного пигмента, до сих пор окончательно не выяснены. В настоящем исследовании был проведен анализ средних образцов товарных партий озимой пшеницы из Центрального федерального округа урожая 2024 г., где доля визуально выявленных зерен с черным зародышем составила от 4.3 до 27.0 %. Согласно полученным результатам, процент инфицирования грибами, таксономический состав микобиоты и содержание ДНК двух доминирующих групп грибов Alternaria и Fusarium были высоко сходными во фракциях внешне здорового зерна и зерна с черным зародышем. По нашему мнению, данный симптом обусловлен абиотическими факторами среды, вызывающими физиологическое потемнение тканей зерен, и с большой долей уверенности может быть отнесен к заболеваниям пшеницы, вредоносность которых не доказана.