В ходе исследования полиморфизма гена FADS2 у коренного населения Сибири нами обнаружен микрогаплотип длиной 150 нуклеотидов, представленный различными комбинациями вариантов полиморфизма в четырех локусах (rs 174609, rs 174610, rs 174611, rs74771917). По этим локусам в исследованных популяциях северо-восточной (чукчи, коряки, эвены) и юго-восточной (буряты) частей Сибири выявлены 5 вариантов микрогаплотипа, эффективное число которых (Ae) варьирует от 2.16 у бурят до 3.89 у коряков. Значения гетерозиготности в популяциях изменяются от 0.624 у бурят до 0.805 у эвенов. Анализ генетической дифференциации показал высокодостоверные отличия между северными и южными популяциями восточной части Сибири по распределению вариантов полиморфизма микрогаплотипа гена FADS2. Таким образом, этот микрогаплотип обладает достаточно высокой информативностью для выявления генетических различий между популяциями коренного населения Сибири и может быть использован, тем самым, в панелях маркеров, предназначенных для генетической идентификации на популяционном и индивидуальном уровне.
Идентификаторы и классификаторы
- SCI
- Науки о Земле
Микрогаплотипы относятся к числу относительно новых молекулярных маркеров, они имеют длину менее 200 нуклеотидов и представлены комбинациями вариантов полиморфизма двух и более нуклеотидных позиций (Kidd et al., 2013).
Если у вас возникли вопросы или появились предложения по содержанию статьи, пожалуйста, направляйте их в рамках данной темы.
Список литературы
1. Chen P., Zhu W., Tong F., Pu Y., Yu Y., Huang S., Li Z., Zhang L., Liang W., Chen F. Identifying novel microhaplotypes for ancestry inference // International Journal of Legal Medicine. 2019a. Vol. 133. P. 983-988. DOI: 10.1007/s00414-018-1881-x EDN: PPCVSF
2. Chen Y., Estampador A. C., Keller M., Poveda A., Dalla-Riva J., Johansson I., Renstrom F., Kurbasic A., Franks P. W., Varga T. V The combined effects of FADS gene variation and dietary fats in obesity-related traits in a population from the far north of Sweden: the GLACIER Study // International Journal of Obesity. 2019b. Vol. 43. P. 808-820. DOI: 10.1038/s41366-018-0112-3 EDN: CTRPGH
3. Excoffier L., Lischer H. E. L. Arlequin suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows // Molecular Ecology Resources. 2010. Vol. 10. P. 564-567. DOI: 10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x EDN: WRILKK
4. Fumagalli M., Moltke I., Grarup N., Racimo F., Bjerregaard P., J0rgensen M. E., Korneliussen T. S., Gerbault P., Skotte L., Linneberg A., Christensen C., Brandslund I., Jorgensen T., Huerta-Sanchez E., Schmidt E. B., Pedersen O., Hansen T., Albrechtsen A., NielsenR. Green-landic Inuit show genetic signatures of diet and climate adaptation // Science. 2015. Vol. 349. P. 1343-1347. DOI: 10.1126/science.aab2319 EDN: VFAJEF
5. Kidd K. K., Pakstis A. J., Speed W. C., Lagace R., Chang J., Wootton S., Ihuegbu N. Microhaplotype loci are a powerful new type of forensic marker // Forensic Science International: Genetics Supplement Series. 2013. Vol. 4. P. e123-e124. DOI: 10.1016/j.fsigss.2013.10.063
6. Kidd K. K., Speed W. C. Criteria for selecting microhaplotypes: mixture detection and deconvolution // Investigative Genetics. 2015. Vol. 6. Art. 1. 10.1186/ s13323-014-0018-3. DOI: 10.1186/s13323-014-0018-3 EDN: XTGBIH
7. Oldoni F., Bader D., Fantinato C., Wootton S. C., Lagace R., Kidd K. K., Podini D. A sequence-based 74plex microhaplotype assay for analysis of forensic DNA mixtures // Forensic Science International: Genetics. 2020. Vol. 49. Art. 102367. DOI: 10.1016/j.fsigen.2020.102367 EDN: OTHERS
8. Oldoni F., Kidd K. K., Podini D. Microhaplotypes in forensic genetics // Forensic Science International: Genetics. 2019. Vol. 38. P. 54-69. 10.1016/j. fsigen.2018.09.009. DOI: 10.1016/j.fsigen.2018.09.009 EDN: FJAKGJ
9. Osier M. V., Cheung K. H., Kidd J. R., Pakstis A. J., Miller P. L., Kidd K. K. ALFRED: An allele frequency database for diverse populations and DNA polymorphisms - An update // Nucleic Acids Research. 2001. Vol. 29. P. 317-319. DOI: 10.1093/nar/29.1.317 EDN: IUCANB
10. Parajuli R. P., Goodrich J. M., Chan H. M., Lemire M., Ayotte P., Hegele R. A., Basu N. Variation in biomarker levels of metals, persistent organic pollutants, and omega-3 fatty acids in association with genetic polymorphisms among Inuit in Nunavik, Canada // Environmental Research. 2021. Vol. 200. Art. 111393. 10.1016/j. envres.2021.111393. DOI: 10.1016/j.envres.2021.111393 EDN: STFBWS
11. Park H. G., Park W. J., Kothapalli K. S., Brenna J. T. The fatty acid desaturase 2 (FADS2) gene product catalyzes Д4 desaturation to yield n-3 docosahexaenoic acid and n-6 do-cosapentaenoic acid in human cells // The FASEB Journal. 2015. Vol. 29. P. 3911-3919. DOI: 10.1096/fj.15-271783
12. Phillips C., McNevin D., Kidd K. K., Lagace R., Wootton S., Puente M. de la, Freire-Aradas A., Mosquera-Miguel A., Eduardoff M., Gross T., Dagostino L., Power D., Olson S., Hashiyada M., Oz C., Parson W., Schneider P.M., Lareu M. V., Daniel R. MAPlex - A massively parallel sequencing ancestry analysis multiplex for Asia-Pacific populations // Forensic Science International: Genetics. 2019. Vol. 42. P. 213-226. 10.1016/j. fsigen.2019.06.022. DOI: 10.1016/j.fsigen.2019.06.022 EDN: ULBSNW
13. Puente M. de la, Ruiz-Ramfrez J., Ambroa-Conde A., Xavier C., Amigo J., Casares de Cal M. A., Gomez-Tato A., Carracedo A., Parson W., Phillips C., Lareu M. V Broadening the applicability of a custom multi-platform panel of microhaplotypes: bio-geographical ancestry inference and expanded reference data // Frontiers in Genetics. 2020. Vol. 11. Art. 581041. 10.3389/ fgene.2020.581041. DOI: 10.3389/fgene.2020.581041 EDN: SENSRE
14. Rosenberg N. A., Li L. M., Ward R., Pritchard J. K. Informativeness of genetic markers for inference of ancestry // American Journal of Human Genetics. 2003. Vol. 73. P. 1402-1422. DOI: 10.1086/380416 EDN: MEUFCV
15. Standage D. S., Mitchell R. N. MicroHapDB: A portable and extensible database of all published microhaplotype marker and frequency data // Frontiers in Genetics. 2020. Vol. 11. Art. 781. DOI: 10.3389/fgene.2020.00781 EDN: EJLKHM
16. Sun S., Liu Y., Li J., Yang Z., Wen D., Liang W., Yan Y., Yu H., Cai J., Zha L. Development and application of a nonbinary SNP-based microhaplotype panel for paternity testing involving close relatives // Forensic Science International: Genetics. 2020. Vol. 46. Art. 102255. DOI: 10.1016/j.fsigen.2020.102255 EDN: OUPORC
17. Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods // Molecular Biology and Evolution. 2011. Vol. 28. P. 2731-2739. DOI: 10.1093/molbev/msr121
18. Wen Y., Liu J., Su Y., Chen X., Hou Y., Liao L., Wang Z. Forensic biogeographical ancestry inference: recent insights and current trends // Genes & Genomics. 2023. Vol. 45. P. 1229-1238. DOI: 10.1007/s13258-023-01387-5 EDN: NBWIUK
19. Zhang R., Xue J., Tan M., Chen D., Xiao Y., Liu G., Zheng Y., Wu Q., Liao M., Lv M., Qu S., Liang W. An MPS-based 50plex microhaplotype assay for forensic DNA analysis // Genes. 2023. Vol. 14. Art. 865. 10.3390/ genes14040865. DOI: 10.3390/genes14040865 EDN: OSSETE
Выпуск
Другие статьи выпуска
31 октября 2023 г. исполнилось 90 лет со дня рождения Владимира Петровича Похиалайнена – известного стратиграфа и палеонтолога, доктора геолого-минералогических наук, специалиста по меловым отложениям и двустворчатым моллюскам Дальнего Востока России.
Первые археологические материалы, найденные на п-ове Кони, были получены В. И. Левиным в 1931 г. у мыса Наргабьен (Васильевский, 1971). В этом месте выявлено древнекорякское поселение с округлыми углубленными жилищами. Собранный материал представлен в основном каменными изделиями, есть несколько костяных орудий, а также фрагменты ложнотекстильной керамики.
Статья исследует особенности развития золотодобывающей промышленности на Северо-Востоке СССР в период конца 1950-х начала 1960-х гг. Автор рассматривает причины и последствия кризиса в отрасли, а также комплекс мер, принятых для его преодоления на региональном и центральном уровнях. Основной акцент делается на роли партийных и государственных органов в формировании и реализации новой стратегии развития золотодобывающего комплекса, основанной на усилении геологоразведки, освоении месторождений россыпного золота на Чукотке, привлечении финансирования и кадров. Автор демонстрирует, что решающее значение имели налаживание взаимодействия обкома с совнархозом и геологоразведочными организациями, смена руководства последних и переориентация на поиск месторождений россыпного золота на Чукотке. Благодаря региональным инициативам и целевой государственной поддержке удалось увеличить капиталовложения в геологоразведку и строительство горных предприятий, обеспечить приток дополнительных трудовых ресурсов. Автор опирается на широкий круг архивных источников, позволяющих изучить динамику и специфику управленческих решений и действий в условиях сложной экономической и социальной ситуации. Статья выявляет, что, несмотря на достигнутый рост золотодобычи, в отрасли сохранялись серьезные проблемы, связанные с наследием Дальстроя, плановой убыточностью, моральным и физическим износом оборудования, хищениями золота и др. Автор приходит к выводу, что для дальнейшего развития золотодобывающей промышленности Северо-Востока требовалось техническое перевооружение предприятий, внедрение инноваций, повышение производительности труда, решение социальных проблем региона.
В статье представлены основные результаты научной деятельности старшего научного сотрудника лаборатории истории и археологии Северо-Восточного комплексного научноисследовательского института ДВО РАН, краеведа, популяризатора науки А. Г. Козлова (19512006). В период 1997-2006 гг. он занимался различными проблемами истории Магаданской области, особенностями промышленного освоения Северо-Востока России, хозяйственной деятельностью Дальстроя, исправительно-трудовой политикой в этом регионе в 19301950-х гг., а также основанием и развитием г. Магадана. Им внесен значительный вклад в изучение истории Магаданской области.
Мониторинг состояния популяций мелких млекопитающих в зоне влияния Усть-Среднеканской ГЭС на участке долины р. Колыма между устьями рр. Дебин и Коркодон проводился в 2000-2022 гг. В его ходе были получены новые данные по редким в долине Колымы видам землероек-бурозубок (р. Sorex) и полевок (Arvicolinae), позволяющие уточнить их распространение, биотопическую приуроченность и относительную численность. Отмечается крайняя неравномерность распределения и редкость встречаемости на рассматриваемой территории тундровой и крошечной бурозубок. По сравнению с 1960-ми годами наметилась тенденция продвижения на север области распространения S. isodon и сокращения в том же направлении S. tundrensis. Частота регистраций северосибирской полевки возросла.
На территории северной, «материковой» части Корякии (Камчатский край) отмечено 50 видов стафилинид из 26 родов, относящихся к 9 подсемействам (без подсемейства Aleocharinae). Составлена таблица списка видов по подсемействам и трибам. Закартированы пункты сборов.
Приводятся новые данные о местонахождениях на юго-востоке Чукотки 6 видов сосудистых растений, занесенных в региональную Красную книгу. Наибольший интерес представляет находка очень редкого в регионе Lysiella oligantha. Выявлены местонахождения 3 видов, включенных в перечень таксонов, нуждающихся в особом внимании к их состоянию.
Приводятся сведения о 66 видах сосудистых растений, впервые выявленных на территории федерального заказника «Ольджиканский», из которых один вид (Fritillaria maximowiczii Freyn) включен в Красную книгу Хабаровского края. Общее количество сосудистых растений заказника с учетом данных дополнений 436 видов.
Анализ списка флоры сосудистых растений Севера Дальнего Востока России с позиций систематического положения видов, особенностей их морфологии, экологии, распространения проведен в связи с реализацией проекта сетчатого картирования флоры и растительности. Характеристики флор фитохорологических подразделений даны в соответствии со схемой фитохорологического деления региона, основанной на обобщенной крупномасштабной карте растительности.
По результатам обработки собранных в течение нескольких полевых сезонов материалов и с учётом имеющейся литературы приводятся сведения о мхах Ольского участка заповедника «Магаданский». Список включает 138 видов, относящихся к 67 родам и 35 семействам. На основании полученных данных обсуждаются некоторые особенности изучаемой флоры.
Приводятся результаты обработки трех проб водорослей, собранных летом 2023 г. в долине р. Апапельгин (чукотский автономный округ). Обнаруженные виды принадлежат отделу зеленых водорослей (Chlorophyta). три вида водорослей, способных выдерживать значительное засолонение воды, вегетировали на разливах лайды: Ulva prolifera, Cladophora glomerata и Percursariapercursa. В обрастаниях камней в р. Апапельгин найдена пресноводная водоросль Draparnaldia mutabilis. Первые три вида указываются впервые для территории крайнего Севера России.
По программе «Природа острова Завьялова и экологический туризм» проведены дополнительные исследования микобиоты. Представлены новые данные о разнообразии макроскопических грибов о. Завьялова. Выявлено 74 вида, ранее не указанных для островной биоты. Обнаружены новые местонахождения трех видов (Amanita regalis, Clavariadelphus truncatus и Leccinum arctoi), включенных в Красную книгу Магаданской области (2019). На данный период для о. Завьялова известно 173 вида макроскопических грибов.
С использованием метода сосуществования выделены климатические зоны для раннего эоцена востока Азии. Данные для реконструкции включают 48 палинофлор из континентальных отложений нижнего эоцена востока Азии между 75° и 19° с. ш. Полученные климатические выводы согласуются с глобальными трендами, демонстрируя высокие средние значения среднегодовой температуры и среднегодового количества осадков. По нашим результатам наблюдается слабо выраженный широтный градиент температуры в направлении с севера на юг, демонстрирующий тренд на увеличение средних значений, тогда как очень слабо выраженный широтный градиент осадков показывает тренд на их уменьшение. На основе средних значений температуры и осадков выделяются три региональных климатических зоны. Зона теплого умеренного климата (севернее ~ 55° палеошироты) характеризуется низкими значениями для температуры (14.2-16.2 °С) и высокими для осадков (1158- 1334 мм). В переходной зоне (~ 45-55° палеошироты) среднегодовые температуры варьируют от 15.9 до 19.0 °С, а среднегодовые осадки от 874 до 1352 мм. Зона субтропического климата (южнее ~ 45° палеошироты) характеризуется высокими значениями для температуры (16.5 19.1 °С) и низкими для осадков (874-1263 мм).
Палинологическая летопись осадков оз. Эльгыгытгын, формировавшихся 2.373-2.510 Ma BP (изотопные стадии 92-99), включает 9 пыльцевых зон, характеризующих растительные сообщества межледниковых и ледниковых стадий и интерстадиала. Границы пыльцевых зон в ряде случаев не соответствуют границам изотопных стадий, что указывает на необходимость пересмотра возрастной модели, разработанной для керна оз. Эльгыгытгын. Наиболее теплым климатом в интервале 2.373-2.510 Ma характеризовалась MIS93. В этот период регионально распространяются лиственничные леса, включавшие темнохвойные породы. В галерейных лесах речных долин доминировали Alnus hirsuta, Chosenia arbutifolia, Populus suaveolens. С наиболее глубоким похолоданием климата, проявившимся в первой половине MIS97, связано развитие травянисто-кустарниковой тундры и лиственничной лесотундры. Постоянное участие пыльцы Larix в спектрах на протяжении всего раннего гелазия указывает на то, что даже в более суровых климатических условиях начала MIS97 в районах Анадырского плоскогорья и оз. Эльгыгытгын сохранялась лиственничная лесотундра.
Статистика статьи
Статистика просмотров за 2026 год.
Издательство
- Издательство
- СВКНИИ ДВО РАН
- Регион
- Россия, Магадан
- Почтовый адрес
- 16, ул. Портовая, Магадан 685000
- Юр. адрес
- 16, ул. Портовая, Магадан 685000
- ФИО
- Акинин Вячеслав Васильевич (Директор)
- E-mail адрес
- secretary@neisri.ru
- Контактный телефон
- +8 (413) 2630078
- Сайт
- https:/neisri.ru