Публикации автора

Возбудитель бактериоза винограда (болезнь Пирса) Xylella fastidiosa — карантинный объект, отсутствующий на территории стран-партнеров Евразийского Экономического Союза. Для проведения эффективной диагностики требуется гармонизация методов с международными и региональными диагностическими протоколами, следует также учитывать необходимость импортозамещения рекомендуемых реагентов. В ходе исследований, проведенных на базе ФГБУ ВНИИКР были оптимизированы 5 ПЦР-тестов с компонентами отечественного производства и определены их основные критерии эффективности согласно стандарту ЕОКЗР 7/098 (4). Дополнительно проведена валидация коммерческого набора «Фитоскрин» (ООО «Синтол», Россия). Результаты оценки применимости показали высокую чувствительность ПЦР-РВ в соответствии с Harper et al. (2010), Li et al. (2013), и Ouyang et al. (2013), которая составила 102 КОЕ/мл, высокую специфичность (не было обнаружено ложноположительных или неспецифичных реакций), а также 100 %-ную в опыте прецизионность в условиях повторяемости и промежуточную прецизионность. Данные тесты войдут в методические рекомендации по диагностике X. fastidiosa как отборочные. Также следует отметить повышение чувствительности ПЦР по Li et al. (2013), с реакционной смесью 5х MasCFЕ TaqMIX -2025 («Диалат Ltd.», Россия) по сравнению с данными, представленными в отчете TPS (2018). Кроме того, установлено, что ПЦР-РВ по Francis et al. (2006) и классическая ПЦР по Minsavage et al. (1994) имеют аналитическую чувствительность 100 % при концентрации целевого объекта 103 КОЕ/мл и 104 КОЕ/мл соответственно. Выявлена селективность всех ПЦР-РВ, кроме коммерческого набора «Фитоскрин» по отношению к экстракту лаванды, который характеризовался ингибированием амплификации.

Статья посвящена молекулярно-генетическим методам диагностики возбудителей черной бактериальной пятнистости томата – вредоносного бактериального заболевания томата и перца, распространенного преимущественно в открытом грунте в южных регионах. Исследования проведены на базе Всероссийского центра карантина растений (ФГБУ «ВНИИКР») в 2022–2023 гг. В задачи работы входило определение аналитической чувствительности и специфичности молекулярно-генетических методов выявления и идентификации трех видов разных патологических типов бактерий рода Xanthomonas – возбудителей черной бактериальной пятнистости томата. Ввиду необходимости импортозамещения дорогостоящих реагентов испытания проводили с отечественными реактивами производства фирм ООО «Евроген» и ЗАО «Диалат». Приведены результаты эффективности ПЦР «в реальном времени» (ПЦР-РВ), анализ которых показал, что все тестируемые праймерные системы можно рекомендовать для выявления возбудителей бактериоза. При этом установлено, что ПЦР-РВ AFLP derived Taqman PCR и XopD Taqman PCR обладают высокой аналитической чувствительностью (102–103 КОЕ/мл). Показано, что 3 из 4 праймерных систем в соответствии с методикой Koenraadt et al. (2009) также обладают высоким уровнем чувствительности –102 КОЕ/мл. Аналитическая чувствительность праймеров Bs-XpF/R для выявления X. euvesicatoria pv. perforans составила 104 КОЕ/мл, что достаточно для образцов с высокой концентрацией патогена и для идентификации чистой культуры бактерий. Все праймеры обладают 100%-ной специфичностью по отношению к целевым штаммам патогенов. Перекрестные реакции с другими штаммами не отмечены. Предлагаемая достоверная оперативная методика выявления возбудителей черной бактериальной пятнистости в семенах томата и перца в значительной степени снизит потери урожая и повысит экономическую эффективность производства отечественных овощей.