В работе проведена оценка влияния микоризации на экспрессию генов, относящихся к группам генной онтологии GO:0050832 (защитный ответ на грибную инфекцию) и GO:0042742 (защитный ответ на бактериальную инфекцию) при развитии эффективного симбиоза в модельной системе “Medicago lupulina + Rhizophagus irregularis”. Оценка экспрессии генов проведена методом массового анализа концов кДНК (MACE-Seq). В вегетационных условиях при низком уровне доступного для питания растений фосфора в субстрате в листьях M. lupulina выявлена негативная регуляция 44 и 42 генов групп защитного ответа на грибную и бактериальную инфекции, соответственно, в фазу развития второго листа и фазу цветения. Показаны существенно более низкие уровни экспрессии генов (ортологи Medtr1g021100, Medtr1g021110), кодирующих белки устойчивости к мучнистой росе RPW8, при микоризации грибом R. irregularis как в вегетативную, так и в репродуктивную фазы развития растения. Обсуждается роль гриба арбускулярной микоризы в формировании неспецифической реакции на патогенные микроорганизмы при развитии эффективного симбиоза.