Изложены проблемы и особенности безопасного функционирования при экологическом воздействии на водный комплекс регионального уровня. Предложено управление водными ресурсами по принципу всего водного бассейна, а также финансовая стратегия развития управления водным объектом региона. Представлены источники, наносящие ущерб водным объектам в регионе, проведен расчет и обоснование платежей за пользование водных ресурсов, предложен механизм водопользования соразмерный рыночным условиям. Рассматривается системно-интегрированный методологический подход к анализу водной безопасности региона для пяти ключевых элементов - критериев безопасности, на примере Вологодской области, начиная от отдельных водохозяйственных объектов, предприятий, жилых комплексов и домохозяйств. По адаптированной методике расчёта DALY установлен гигиенический показатель для возможности оценки потерь здоровья населения. Установлены индексы водной безопасности для каждого критерия, рассчитана водоёмкость валового регионального продукта. Представлен алгоритм обеспечения водной безопасности на региональном уровне.