Представленное вниманию исследование посвящено вопросам трансформации активов сложного наукоемкого промышленного производства с целью повышения эффективности их использования при одновременном учете интересов как собственников (инвесторов), так и менеджмента и непосредственных участников производственного процесса. Объектом исследования служит судостроительная верфь, обладающая спецификой организации такого производства в Российской Федерации, то есть сочетающего в себе черты и специализации, и кооперации и функционирующего в условиях значительной доли государственного заказа в действующем и перспективном портфелях. Теория управления производственными системами содержит методы, методологии и рекомендации, относящиеся прежде всего к стационарным системам, деятельность которых в условиях совершенной конкуренции описывается равновесными моделями. Основным вектором научных поисков авторов статьи является исследование нестационарных процессов, прогнозирование и разработка методологии управления характеристиками, свойственными производственным системам судостроения в различных рыночных условиях. Эффективное развитие предприятия есть общая цель микроэкономического управления. В статье поставлены задачи по нормированию уровня затрат в судостроении, в частности при постройки головного судна, и по снижению затрат с учетом заданного уровня риска, с учетом циклов строительства. В целях дальнейшего пересмотра и обоснования реализации инновационных программ, необходимого и достаточного реформирования активов предприятия, которые должны предшествовать получению заказов от государственных учреждений. В качестве метода исследования использованы элементы маржинального анализа (CVP-анализ). С его помощью показано влияние структуры активов на важные экономические индикаторы, например область безубыточности процесса постройки судна. В результате исследования в научный оборот введены понятия «область безубыточности» и «область финансовых рисков» как функции от изменения цикла постройки. Предложен экономический индикатор, который может быть использован для определения экономической целесообразности передачи постройки объекта морской техники конкретному предприятию и для обоснования программ реформирования структуры имущественного комплекса. Предложен также методический подход к решению задачи управления инновационными процессами по изменению структуры затрат на судостроительном предприятии с целью уменьшения величины себестоимости постройки и одновременного обеспечения приемлемого уровня риска операционной деятельности.