Локальные породы, созданные в ходе развития истории человечества, являются ценным генетическим ресурсом и нуждаются в сохранении и бережном использовании. В южных регионах Евразии, преимущественно в зоне степей и полупустынь, издревле разводился крупный скот (КРС), подходящий для тяглового использования, получения мяса и шкур высокого качества. Целью работы являлось изучение аллелофонда разных популяций степного скота серой украинской породы, разводимых в разных географических регионах. Выделение ДНК проводилось с помощью набора «ДНК-Экстран-2», а ПЦР-анализ выполнялся с использованием реагентов для мультиплексного анализа 15 микросателлитных маркеров крупного рогатого скота GOrDIS CATTLE, включая локусы, рекомендованные Международным Обществом Генетики Животных. Микросателлитные профили были получены с помощью капиллярного электрофореза на генетическом анализаторе LOCUS Seqtor 1616, а обработка данных осуществлялась с использованием программ GenAlEx 6.51. b, Structure 2.3.4, CLUMPAK и BEST K. В ходе работы, с использованием 15 полиморфных микросателлитных маркеров, проведено сравнение популяции серого украинского скота, завезенного в конце прошлого века на территорию Республики Алтай и скота подсобного монастырского хозяйства, а также сравнение алтайских популяций этой породы разных лет разведения. Показано, что в современной алтайской популяции серой украинской породы наблюдаемая гетерозиготность достоверно (р < 0,05) ниже, чем в популяциях прошлых лет. В алтайских популяциях выявлено значительно меньшее количество приватных аллелей, чем в монастырской популяции. Кластерный анализ показал однородность монастырской популяции и постепенное изменение генетических профилей в алтайских популяциях. Аллелофонд популяции, завезенной на Алтай в ходе мероприятий по сохранению породы серой украинской породы, претерпел значительные изменения относительно группы, сохраняемой в местах исконного разведения, в частности подсобного монастырского хозяйства. При этом, во всех популяциях сохранились общие аллели, вероятно, характерные для породы.