В статье исследуются природа, принципы и механизмы развития и поддержки интегрированных агропромышленных структур на основе кластерного подхода как конструктивного направления обеспечения национальной продовольственной безопасности. Представлены модель экономического механизма агропромышленной интеграции в регионе и схема механизма взаимовлияния региональной среды и агропромышленного кластера с обоснованием интегрального синергетического эффекта агропромышленной кластеризации. Предложена система мер по разработке и реализации кластерных проектов развития агропромышленных протокластеров отечественных регионов и их трансформации в полноценные кластеры. Обоснована важность разработки долгосрочных стратегий реализации данных проектов с учетом сложившихся институциональных условий, особенностей производительных сил, их инерционности и неоднородности. Указано, что политика поддержки региональных агропромышленных кластеров должна реализовываться во взаимосвязи с территориальной, промышленной, инновационной и другими политиками и быть неунифицированной.